黑木耳菌包培养基配方的主要指标是碳氮比、酸碱度、水分，这是确定黑木耳配方优劣的硬性指标，被称为黑木耳配方的三大要素。

黑木耳菌丝体生长阶段适宜的碳氮比是（50—100）:1，子实体生长阶段适宜的碳氮比是（100—150）：1。这样以培养菌丝为目的用于续代菌种，配方中碳氮比要低一些，要多投入麸皮、豆饼粉等氮源原料；以收获木耳为目的的栽培种，配方中投入麸皮、豆饼粉等氮源原料可适当少一些。

原种培养基

以木屑为主料的培养基配方：锯沫78％，麦麸20％，石膏1％，白糖1％，含水量55％（PH值6.5－7）。

谷粒培养基：小麦、玉米、谷子等，严格掌握含水量和PH值。

栽培种培养基

北方地区黑木耳培养基常用配方：

配方1：杂木屑 88％，麦麸8％，豆饼粉3％，石膏1％，含水量58—60％（PH值7－8）。适合元旦前制作菌包。

配方2：杂木屑89%，麦麸8%，豆粉2%，石膏1%，水分55—58%（PH值7－8）。适合元旦至春节前、后制作菌包。春天、夏天制作秋耳、越冬耳菌包，在高温季节培养，水分降至53—55%即可。